สิ่งที่น่าสนใจภายในวัดนี้ คือ เจดีย์ทรงยอดดอกบัวตูม หรือทรงพุ่มข้าวบิณฑ์ ที่เป็นศิลปะสุโขทัยเพียงองค์เดียวที่พบในจังหวัดพิษณุโลก ตัวเจดีย์มีฐานกว้างประมาณ 9 เมตร สูง 21 เมตร สันนิษฐานว่า สร้างในรัชสมัยพระมหาธรรมราชาที่ 1 (พระยาลิไท) คราวเสด็จมาครองเมืองพิษณุโลก และได้มีการบูรณะกันต่อมาตลอดสมัยสุโขทัย สมัยอยุธยา และสมัยรัตนโกสินทร์

 

วัดเจดีย์ยอดทอง เป็นวัดที่ตั้งอยู่นอกกำแพงเมืองพิษณุโลกฝั่งตะวันออก ห่างราว 1 กิโลเมตร บนถนนพญาเสือ ตำบลในเมือง อำเภอเมือง จังหวัดพิษณุโลก ภายในวัดมีเจดีย์ทรงยอดดอกบัวตูม ที่เมื่อกรมศิลปากรได้ทำการบูรณะแล้ว มีขนาดฐานกว้าง 13.08 เมตร สูง 22.70 เมตร วิหารก่ออิฐยาว 25 เมตร กว้าง 10 เมตร ฐานสูง 30 เมตร คูน้ำรอบวัด ขนาดประมาณ 90-100 เมตร ด้านทิศเหนือตื้นเขิน ทิศใต้ถูกปรับให้เป็นบ่อเลี้ยงปลาของวัด ด้านทิศตะวันออกและทิศตะวันตก ถูกถมไปในระหว่างการปรับปรุงสภาพวัดวัดเจดีย์ยอดทอง ได้รับการบูรณะเมื่อประมาณ พ.ศ. 2512 เฉพาะส่วนเจดีย์ทรงยอดดอกบัวตูมเท่านั้น ด้วยรูปแบบทางด้านศิลปกรรมและผังของวัดที่มีคูน้ำล้อมรอบ (แผนผังวัดแบบนี้เป็นที่นิยมใช้ในสมัยสุโขทัยเป็นอย่างมาก เช่น วัดมหาธาตุ วัดศรีชุม วัดตระพังทอง วัดสระศรี เมืองสุโขทัย)